La Chiesa di Morimondo ha l’abside rivolta verso oriente e la facciata verso occidente secondo un’antica regola che risale ai primi tempi del cristianesimo e che fu seguita quasi costantemente fino ai tempi moderni tutte le volte che esigenze di spazio non obbligarono a fare diversamente. Il motivo simbolico di questa prescrizione è che Cristo è la luce, e la luce viene dall’oriente, oppure – secondo S. Atanasio – che gli apostoli insegnarono ai primi fedeli a pregare rivolti verso l’oriente. E quanto i monaci morimondesi abbiano saputo realizzare in piena armonia questo concetto simbolico della luce di Cristo che si irradia nella sua Chiesa lo si può vedere durante la mattina, quando il sole penetrando attraverso le finestre dell’abside si sparge inondando tutta la navata e dando al rosso dei mattoni un colore vivo fuoco, o al tramonto, quando il sole penetra dalle finestre e dal rosone della facciata.

Le stesse regole artistiche imponevano che le Chiese pubbliche sorgessero un pò appartate dall’abitato, possibilmente in alto, e che i fedeli per accedervi dovessero salire tre o cinque scalini, sempre che le esigenze del luogo non imponessero di fare diversamente. Anche a Morimondo, per quanto la Chiesa non avesse scopo di servizio pubblico, queste regole furono osservate in pieno.

Lo stile fondamentale di questa Chiesa è il gotico-borgognone, con elementi locali romanico-lombardi, specialmente nelle finestre a tutto sesto e nelle poche parti ornamentali, specialmente all’esterno.

Abbiamo già detto dell’influsso esercitato dall’architettura cistercense sul gotico italiano. Si trattò all’inizio di un trapianto integrale di forme e di architettura straniera in suolo italiano: in seguito gli artisti locali ritoccarono l’ogiva primitiva differenziandola da quella d’oltralpe. Morimondo appartiene ancora alla prima forma e ne è uno dei monumenti più notevoli.

La Chiesa di tipo basilicale ha la forma di croce latina a tre navate con transetto sormontato da un tiburio ottagonale che serviva, e serve tuttora, da campanile. Un campanile vero e proprio Morimondo non lo ha mai avuto.

Le tre navate sono divise da colonne o pilastri in cotto che si accoppiano tra loro da ambedue i lati ma presentano forme diverse: le prime due, entrando dal piazzale, sono a pilastro composito secondo lo stile lombardo; seguono quattro coppie di pilastri cilindrici con base attica su largo zoccolo quadrangolare non sempre di uguale altezza. Segue una coppia di pilastri ottagonali con la stessa base dei precedenti ma con zoccolo più alto: la forma particolare di questi due pilastri sta probabilmente ad indicare il limite dell’antico coro prima che fosse trasportato dietro l’altare maggiore all’inizio del Cinquecento. Dopo un’altra coppia di pilastri rotondi troviamo l’ultima coppia di pilastri polistili, che stanno sull’incrocio con il transetto, molto robusti e sostenuti da un’alta base rettangolare perché destinati a sostenere il tiburio.

Nel transetto di sinistra si trova una finestra rotonda con vetri del Quattrocento, la vetrata più antica della Chiesa, e addossata al transetto la torre dell’orologio.

Il tutto è costruito con mattoni a vista, di misura leggermente superiore alla normale (cm. 30x9x12) che non si trova in altri edifici contemporanei; il che fa pensare che i monaci avessero preparato per lo scopo delle fornaci speciali nei loro terreni e che essi stessi abbiano provveduto la fornitura del materiale necessario pur servendosi di maestranze e di manovalanza estranea. Non sappiamo dove esattamente si trovasse la fornace dei monaci che fornì i mattoni per la costruzione della Chiesa e del monastero. Riguardo alla forma e al formato dei mattoni ricordiamo che l’arte muraria antica era meno tecnicizzata di oggi e quindi si aveva una maggiore varietà di lavorazione secondo l’uso che se ne voleva fare. I mattoni delle colonne e degli architravi erano cotti con sagoma particolare, secondo la tradizione che durò per tutto il medioevo. La copertura delle navate è a botte, in muratura e non a travi o a capriate, perché il pericolo frequente di incendi costrinse a cercare una copertura muraria più solida e più consistente. La volta a crociera, cioè la penetrazione di due volte a botte tra loro, che poggiava generalmente sui pilastri che partivano dal suolo era la caratteristica dello stile ogivale. Il coro dei monaci e l’altare maggiore formavano inizialmente un tutt’unico perché il canto dell’ufficio terminava e trovava il suo punto culminante nella celebrazione della messa abbaziale.

Gli altari erano cinque, il maggiore al centro e quattro ai lati, rispettivamente nelle due cappelle a destra e a sinistra del transetto. L’altare maggiore era dedicato a Maria Nascente, gli altari laterali a S. Pietro, S. Bartolomeo, Santa Croce e S. Maria Maddalena. Il numero degli altari era condizionato dalla liturgia e potevano essere più di cinque o di sette a seconda del numero dei sacerdoti monaci che dovevano celebrare. A Morimondo non furono mai più di cinque.

Secondo la regola cistercense l’altare era semplice, appena ornato talvolta, sul davanti, da qualche delicata scultura; ma dietro la tavola sacrificale quasi nuda si tendevano le tendine di stoffa accordate ai colori liturgici delle feste. Dopo il secolo XIII questo ornamento, invece di restare di stoffa e movibile, si trasformò in fregio scolpito o dipinto, o a mosaico dagli ori vibranti –detto "postergale"- che nel 1300 conoscerà un’immensa fortuna.

In fondo alla Chiesa, a destra della porta centrale, vediamo un’antica acquasantiera in pietra lavorata, posata su quattro colonnine e sormontata da una statua della Vergine, cinta di corona e col bimbo tra le braccia. La bella statuina trecentesca fu rubata da ladri nel 1975 e mai ritrovata.

Questo gioiello d’arte, dato dall’acquasantiera e dalla statua, che nella sua linea indica una data di costruzione successiva a quella della Chiesa - probabilmente la prima metà del 1300 - merita tutta la nostra attenzione. L’acquasantiera, ampia vasca circolare di pietra, porta sui bordi esterni dodici bocche di uscita per l’acqua, rosoni alternati con teste fantastiche che indicano chiaramente la sua origine: o fontana ornamentale che sorgeva da qualche parte del monastero, forse in prossimità del refettorio dove i monaci potevano lavarsi le mani dopo i pasti, o forse accanto alla "lectio" (o "lettura"). Un altro discorso merita la piccola statua di marmo della Madonna che si eleva nella tazza dell’acquasantiera. E’ un’opera piuttosto malconcia ma indica un’altra mano e un’altra arte tanto che oggi si propende a attribuirla al celebre maestro toscano Balduccio da Pisa, che lavorò molto nel milanese dove si ammirano ancora i suoi capolavori di scultura gotica, o almeno alla sua scuola. La Madonna dell’acquasantiera di Morimondo ha tutte le movenze e l’atteggiamento delle Madonne pisane.

Chi volgendo le spalle all’altare maggiore osserva la navata centrale in direzione della porta si accorge subito di una notevole deviazione dell’asse della parete sinistra e delle finestre della facciata disposte in simmetria irregolare, in contrasto evidente con la perfezione di linea che si riscontra in tutta la parte superiore della basilica. Il fatto ha interessato gli studiosi che ne hanno cercato una spiegazione. Alcuni lo hanno attribuito alla diversità di epoca in cui fu eretta questa parte della Chiesa che ha comportato anche una piccola variante nel disegno. Questa spiegazione può sembrare troppo semplice e poco accettabile. Questo errore si riscontra anche in altri edifici sacri del tempo. Questa ripetizione fa pensare a un "metodo", più che a una svista, ossia a un "errore" intenzionale e voluto. Perché? Una risposta plausibile, che tra l’altro si adatta alla mentalità monastica del medioevo, potrebbe essere quella secondo la quale la Chiesa, il "capolavoro" innalzato alla gloria di Dio, doveva essere il più bello possibile ma restare opera dell’uomo, essere imperfetto, e l’opera doveva in qualche modo riflettere tutta l’incapacità e la lacunosità del suo artefice. La parete storta delle ultime campate della navata era come la firma, l’umile firma, dell’anonimo artista di quella che ancora oggi è la più bella Chiesa della bassa milanese.

La facciata è cronologicamente l’ultima parte della costruzione. Ha un taglio a capanna a scarso slancio verticale. Originariamente doveva essere congiunta a un nartece di notevoli proporzioni le cui tracce sono ancora visibili nel muro. Il protiro attuale, che sorge sulla piattaforma della scalinata formato da quattro agili colonne in pietra a zoccolo molto elevato, risale al principio del XVIII secolo, in corrispondenza delle regole liturgiche ambrosiane che imponevano questo portico davanti alle Chiese parrocchiali.