Accanto alla Chiesa, facente corpo unico con essa, troviamo la sacrestia e la parte confinante al chiostro che prendeva il nome di "lectio" o di "lettura", e che si poteva considerare come un’appendice o un prolungamento del coro dei monaci.

La sacrestia attuale, con volta a botte e grande finestra centrale, ha subito pochi cambiamenti nel tempo e anche oggi si presenta come un ambiente severo, raccolto e devoto, non eccessivamente vasta in proporzione della Chiesa.

La lectio, a cui si accedeva dalla Chiesa con una scala di pietra trovandosi essa in un piano più basso al livello del chiostro e della sala capitolare, conserva le tracce di una cura ed eleganza particolare: antichi affreschi nell’arco della porta, in parte consunti e in parte cancellati per dar luogo a un grande e bell’affresco attribuito al Luini o alla sua scuola che rappresenta la Vergine in trono col Bambino in braccio, circondata a destra da S. Benedetto e a sinistra da S. Bernardo. L’affresco è stato recentemente staccato dalla parete originale e collocato all’interno della Chiesa, nella navata destra, per meglio preservarlo dall’umidità che ne avrebbe potuto col tempo deteriorare i colori. Altre pitture che adornavano le formelle furono aggiunte in seguito ma oggi si presentano molto deteriorate e quasi irriconoscibili. Delle tre bifore con mattoni a spina di pesce, originariamente fornite da vetrate a colori, rimangono solo le tracce nel muro in attesa di restauro.

Tra la sala capitolare e la lectio troviamo l’armarium, o "custodia" dei manoscritti in originale o in copia più preziosi del monastero, pergamene con trascrizioni di libri sacri di opere teologiche, liturgiche, storiche, documenti notarili di contratti, ecc.... una specie di biblioteca o di archivio, il centro culturale o il cervello di tutto il monastero che non mancava mai in nessuna comunità religiosa del medioevo.

L’armarium in seguito servì anche come luogo di sepoltura di qualche abate e, più tardi ancora, servì da penitentiarium , ossia da reclusione, o cella di separazione, o addirittura di "prigione" per i monaci colpevoli di qualche irregolarità grave. L’esistenza di tali "prigioni" è accertata e se ne trovano tracce in tutti i monasteri.

Nelle adiacenze della Chiesa sorgeva il cimitero, vicini l’una all’altro per indicare la comunione dei santi nell’unica comunità di coloro che credevano in Cristo e nella "corrispondenza di amorosi sensi" che doveva unire i defunti ai vivi in attesa di ricongiungersi insieme. A Morimondo il cimitero dei monaci, e più tardi anche dei fedeli, sorgeva nella parte nord della Chiesa e si prolungava dietro all’abside e alla sacrestia. Là furono sepolti i morti di Morimondo fino al XIX sec., quando fu costruito l’attuale cimitero.

Non si hanno tracce di tombe nell’interno della Chiesa, dove il pavimento in pietra, che rimane ancora, non porta segni o iscrizioni funebri di nessuna sorta.