Non si conosce con esattezza l’anno preciso in cui ebbero inizio i lavori della chiesa abbaziale di Morimondo. Un’iscrizione a caratteri gotici posta sull’architrave interno della porta centrale della Chiesa, che oggi non esiste più, ci fa sapere che la Chiesa fu iniziata nel 1182 e finita nel 1296.

I monaci di Morimondo avevano sempre segnato una Chiesa bella, grande, luminosa, che fosse un invito alla preghiera. Per fare cose belle e grandi ci vuole tempo. I monaci volevano che l’opera delle loro mani restasse e sopravvivesse alle situazioni effimere di un uomo e di una generazione.

La Chiesa di Morimondo sorgeva dopo altre Chiese cistercensi della Lombardia e del Piemonte e il loro modello, condotto sempre sulla linea tradizionale cistercense, è servito alla realizzazione di questa Chiesa.

Il posto fu scelto nel "Campo di Fulcherio", una specie di collina morenica, dalla quale si domina tutta la valle fino alle sponde del Ticino. L’architetto è rimasto anonimo, secondo la tradizione di tutti i costruttori delle grandi Chiese abbaziali e cattedrali del medioevo, ma è facile pensare che sia stato un monaco cistercense della stessa abbazia o proveniente da qualche abbazia francese. Sappiamo infatti che nei monasteri medioevali, accanto alle altre arti, era coltivata in modo speciale l’architettura e molti dei capolavori architettonici di quel tempo si devono a "maestri d’arte" monaci.

Nell’Ordine cistercense la tradizione architettonica fu sempre coltivata con fervore sia nei monasteri francesi che italiani. Lelia Fraccaro, nel suo studio sull’architettura cistercense, ha voluto vedere nella sua struttura della Chiesa di Morimond francese il primo modello della Chiesa di Morimond italiana, ricopiato nelle tre navate con transetto e vasto coro rettangolare munito di cappelle rettangolari introdotte da un deambulatorio a squadra. L’architetto deve aver cercato l’aiuto e il contributo degli artisti locali, specialmente dei "maestri comacini", detti anche "Antelami" dal maestro Benedetto Antelami (sec. XII e XIII), rinnovatore della scultura lombarda e valente architetto. Nessun documento scritto comprova la presenza a Morimondo di questi maestri comacini anche se, in un testo del 1308, si faceva presente la presenza di due maestri per la realizzazione di un chiostrino.

La Chiesa fu costruita in quattro fasi successive, interrotte tra loro da vicende incresciose e da episodi di sangue, subendo così anche leggeri mutamenti di stile a mano a mano che la costruzione procedeva portando con sé nuovi gusti e nuovi indirizzi nell’arte. La prima fase comprende il periodo che va dal 1182 al 1197. I lavori cominciarono con l’abside, la sacrestia, il transetto e le prime quattro campate della navata nelle quali si trovava il coro dei monaci. In poco più di un decennio i monaci erano riusciti a raggiungere più della metà dell’attuale Chiesa e sarebbero certamente riusciti a finire in un altro decennio anche il resto (le quattro campate e la facciata) se un fatto nuovo, la controversia con il prevosto di Casorate e la proibizione di costruire dell’arcivescovo di Milano, non avesse sospeso i lavori nel 1197. Il decennio previsto durò così 99 anni, comportando un periodo di complessivi 111 anni. È vanto di quei monaci di non aver mai modificato il primo grandioso progetto e di non aver mai permesso che la sopraggiunta miseria li piegasse a riadattare affrettatamente la costruzione.